10月28日，共和国政府从巴伦西亚迁至巴塞罗那。

1838年12月5日，共和军为粉碎叛军再次进攻马德里的企图，在东部战线对叛军主要根据地特鲁埃尔发起进攻，一度解放该城，但共和军未能按计划发展进攻，在孤立无援情况下苦战两个月，终因寡不敌众而遭受惨重损失，于1838年2月15日放弃特鲁埃尔。特鲁埃尔战役使共和军伤亡2.5万人，损失飞机超过100架。叛军和干涉军乘机将作战重点转向东部战线。3月，佛朗哥在埃布罗河河谷投入5个军的兵力以及几乎全部飞机、坦克，在文奇国干涉军配合下向阿拉贡发起进攻，而共和军在东部战线仅有11个师。9日，叛军队突破共和军防线，至4月15日先后占领莱里达、特仑普和比纳罗斯等地，将共和军控制区分割成两部分，切断加泰罗尼亚与中部和东南部地区的联系。接着，叛军和干涉军分兵出击，南攻巴伦西亚，北进巴塞罗那。

为扭转战局，减轻巴伦西亚受到的压力，共和军于7至11月在埃布罗河地区投入7个师10多万兵力发动内战以来规模最大的进攻战役，即埃布罗河战役。经3个多月鏖战歼敌8万余人，击落击伤敌机200余架，但由于人力物力得不到及时补充而被迫转入防御，未达预期战役目的。这次战役具有决定性的性质，共和军损失6万有生力量，致使战局空前恶化。

12月23日，叛军和干涉军出动20多个师共40万人的兵力发动彻底决定战争胜负的加泰罗尼亚战役。由于加泰罗尼亚无政府主义者的纪律松懈和领导无方，形势明显有利于叛军和干涉军。无政府主义者没有遵守军事上起码的规矩，纯粹按无政府主义方式行事，结果打不好仗。因此，共和军在战役后期只得边打边撤。

1839年1月26日，加泰罗尼亚首府巴塞罗那失陷。2月8日，共和军控制的最后一个据点菲格拉斯失陷，25万共和军越过法国边境后被解除武装。次日，叛军和干涉军进抵法西边境，切断刘国与其他国家的陆上联系。2月11日，加泰罗尼亚全境被占领。

1839年3月3日，共和国海军基地卡塔赫纳爆发叛乱。3月5至6日，中部战线司令塞吉斯蒙多·卡萨多上校在马德里发动军事政变，宣布接管政权，搜捕和屠杀保卫党人及民主人士，并向叛军敞开进入马德里的大门。28日，叛军和干涉军进入马德里和巴伦西亚，战争结束。最后一批共和军在4月1日投降，

战后文奇二世强迫刘玺堃签署结盟条约